iGENEA Analysemethode

Analysemethode

Een uitstrijkje van het mondslijmvlies wordt genomen; het uitstrijkje wordt in een bufferoplossing geplaatst om bederf van het monster te voorkomen.

Na aankomst en registratie van de monsters bij FamilyTreeDNA in Houston (USA) worden de monsters en alle belangrijke aanvullende informatie voor verwerking overgedragen aan het laboratorium (Genomics Research Center).

Om het DNA uit het swabmonster te extraheren, wordt aan elk monster een enzym (proteïnase K) toegevoegd om de cellen te laten barsten en het DNA in de oplossing vrij te maken. Een zeer gelijkaardige procedure wordt gebruikt voor forensische monsters zoals gelikte stempels of tanden. Een stuk van de stempel wordt in een buffer-eiwitoplossing geplaatst. Alle monsters worden 's nachts geïncubeerd (verwarmd tot 56 ºC) en geschud om het breken van de cellen te vergemakkelijken.

De barcode van een nieuwe opslagplaat voor het DNA wordt gescand en in de pipetteerrobot geplaatst. Ook worden de individuele klantstalen gescand. De robot zet altijd 8 monsters tegelijkertijd over in één plaat voor maximaal 96 monsters voor extractie. Deze plaat bevat al een oplossing met kleine magnetische bolletjes. De magnetische DNA-oplossing is goed gemengd, zodat het DNA dat negatief geladen is, wordt aangetrokken door de positief geladen magnetische kralen.

De plaat wordt op een magnetische standaard geplaatst en de bufferoplossing wordt zorgvuldig verwijderd. De magnetische parels met het DNA worden gewassen en tenslotte wordt er een \"DNA-buffer\" in elk van de 96 putten gepipetteerd. De plaat wordt op een verwarmingsblok geplaatst en verwarmd tot 65ºC. Het DNA scheidt zich af van de magnetische kralen en gaat over in de opslagbuffer.

De opslagplaat met 96 afzonderlijke opslagvaten (enkelvoudige buizen met blauwe deksels) wordt geopend. De buffer, die nu het DNA bevat, wordt overgebracht naar de afzonderlijke buisjes voor opslag. De buizen zijn verzegeld.

De hele schijf wordt gescand. Elke afzonderlijke buis heeft zijn eigen barcode op de onderkant. Elk voorbeeldnummer wordt uniek toegewezen aan een barcode en opgeslagen in de REMP-database. De plaat met de DNA-monsters wordt bij -20 ºC opgeslagen in het vriessysteem.

De te analyseren monsters worden \"besteld\" uit de REMP-database. Afzonderlijke buizen van de lagerplaten worden in een \"afleverplaat\" geperforeerd. De barcodes van de afzonderlijke buisjes worden opnieuw gescand voor controle en een bereid mengsel van chemicaliën en kleurstoffen voor DNA-analyse (primermengsel) wordt door de pipetteerrobot in een 96 PCR-plaat gepresenteerd. Zeer weinig van de ontdooide DNA-oplossing wordt in het PCR-mengsel gepipetteerd en de plaat wordt afgesloten met een folie. De plaat wordt in een PCR-apparaat geplaatst en het programma voor het dupliceren en \"kleuren\" van het DNA wordt gestart. Het DNA wordt \"gekopieerd\" in verwarmings- en afkoelingsstappen. Na ongeveer 3 uur is de PCR voltooid en zijn de PCR-producten klaar voor sequencing of elektroforese.

PCR-producten voor de analyse van mitochondriaal DNA (mtDNA) moeten bijvoorbeeld opnieuw worden gezuiverd voor de elektroforese, die door een robot wordt uitgevoerd. De PCR-producten worden vervolgens overgebracht naar maximaal 16 draagplaten met elk 96 monsters voor de sequencer en in het elektroforese-apparaat geplaatst.

In het apparaat \"migreert\" elk DNA-monster door een capillair gevuld met gel (polymeer) waarop een positieve spanning (elektrode) wordt gezet. Kleine moleculen kunnen sneller door de gel migreren dan grotere moleculen. Het DNA wordt gesorteerd op \"grootte\" en geregistreerd door een camera met behulp van kleurmarkering.

De volgorde van rode, blauwe, groene en zwarte pieken levert de (persoonsgebonden) mtDNA-sequentie op.

De tweede mogelijkheid is de registratie van enkele pieken (Short Tandem Repeats STR), bijvoorbeeld in de analyse van het Y-chromosomale haplotype van een man.

De analysegegevens worden door de software geëvalueerd en opnieuw gecontroleerd door een wetenschapper. In enkele gevallen van twijfel of met bijzonder ongebruikelijke resultaten, overlegt de internationale groep wetenschappers van FamilyTreeDNA, bestaande uit biologen en biotechnologen die al meer dan 15 jaar met DNA-analyse en genetica werken, met elkaar.

Dit is hoe de DNA-oorspronganalyse werkt

Eén salivamonster is voldoende om uw DNA te verkrijgen. De Steekproefcollectie is eenvoudig en pijnloos en kan thuis worden uitgevoerd. Gebruik de meegeleverde enveloppe om de monsters op te sturen.